Bonjour,
c'est une bien curieuse façon de procéder

. L'intérêt d'avoir affaire avec une entreprise générale est d'avoir un interlocuteur unique qui vous offre toutes les garanties d'avancement du projet. En l'occurence, effectuer des PV au black c'est se défausser de ces garanties.
La manière la plus sérieuse serait (à la rigueur) de laisser effectuer ces PV par les entreprises si cela concerne de la fourniture. Cela dépend aussi du type de plus value. Si cela concerne par exemple des changements dans les plans il peut y avoir des études techniques nécessaires.
Pour les impôts, ce sont des frais en moins à déclarer.
Pour la revente cela dépend toujours de la PV. Malgré tout, les personnes faisant de l'autoconstruction ou en faisant eux même une partie de leur travaux valorise bien d'une certaine manière leur huile de coude. Les banques autorisent bien un apport jusqu'à 10% en travaux personnels au moment d'effectuer les prêts.