Aïe...
Déjà que les architectes suisses s'emmèlent les pinceaux en travaillant d'un canton à l'autre car l'interprétation des textes de loi est différentes selon les cantons (ex.: sur Fribourg, pas besoins de panneaux solaires, pas besoin de barrières à neige, uniquement crochet. Dans certaines communes, pas besoin de réservoir de limitation de débit des eaux claires, etc...) j'imagine mal un architecte français préparer un dossier de mise à l'enquête.
Par contre on peut imaginer qu'il fasse les plans, et qu'un architecte suisse agrée contrôle les points essentiels liés à la législation et s'occupent de la mise à l'enquête. C'est ce qui se fait pour les constructeurs allemands qui vendent leurs maisons en Suisse.
Par contre, votre architecte risque de s'appuyer sur les réflexes de constructions française dans la conception de la maison, et cela risque de poser problème un moment ou l'autre.
La France a adopté la RT2012 depuis cette année et retard il n'y a pas. Par contre les manières de faire sont très différentes.
En France, la RT2012 empêche pratiquement l'utilisation de pompe à chaleur, alors qu'en Suisse on en met partout.
En France, c'est obligatoire de prévoir une aération contrôlée, alors qu'en Suisse non (Retard de la Suisse

)
etc... etc...